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1日晚，大陆海关总署暂停台湾100多家食品进口，在岛内引发强烈关注。有舆论表示，这是继台产水果、水产品后，较为严重的一次暂停输入。
大陆海关总署1日晚公布部分台湾厂商违反相关规定，紧急停止输入。这是依大陆海关总署248号《中华人民共和国进口食品境外生产企业注册管理规定》，限制未完成更新注册的台湾厂商产品输往大陆。台湾联合新闻网2日称，目前不少岛内食品业者，在大陆海关总署的状态被变更为“暂停进口”，其中不乏知名业者，包括维格饼家、郭元益食品、维力食品、味全食品及泰山企业等。
台“农委会国际处处长”林家荣2日称，初步认定这次暂停输入，是因去年大陆要求销往大陆的食品要注册，部分从业者可能未如期完成补件。据台湾中时电子报介绍，根据大陆要求，今年1月1日起，18类特定食品须取得出口方主管机关推荐才能销售至大陆。
台湾“农委会”2日称，岛内农产品受创比较严重的包括水产、蜂蜜以及茶叶。其中水产品部分品项不少，包括活鱼、生鲜冷藏鱼、冷冻鱼、干制鱼、调制鱼、鱼罐头等，外销大陆的渔产品除了已经被禁止的石斑鱼外，还包括远洋的鲔鱼、鲣鱼、大比目鱼、秋刀鱼等，“被禁止的范围有多广，渔业署还在查核当中”。琉球区渔会总干事蔡宝兴表示，鱼货要外销大陆，当初是“渔业署”要求渔民、渔船要上“渔业署”提供的网站进行登记，但为何后来有的渔船没办法外销，是否缺了什么，还是什么证件效期过了，要问“渔业署”。
台湾养蜂协会理事长郑金昆称，岛内蜂蜜产量不足，每年产量约8000到1万吨左右，能够外销的极少数理论上对蜂农没有特别影响。但是有些业者是台湾人，但在泰国养蜂，再卖到大陆去，这类业者可能就会受到影响。至于茶叶部分，中部某业者认为，海拔2000米以上的高山茶、高端市场，有部分都是销往大陆的，这类商家、茶农会受到波及。
岛内烘焙业者损失惨重。大陆海关总署官网显示，产品类别“饼干、糕点、面包”项目中，台湾107家拿到在陆注册编号厂商中，有35家状态呈现“暂停进口”。郭元益食品负责人郭元益表示，2日才临时接到消息，销售品项包括凤梨酥等。维力官网显示，公司产品主要以外销大陆为主，共有9个据点，若无法外销恐怕损失惨重。台湾经济日报网2日称，根据台“财政部”统计，遭禁产品多属于货品分类中的“调制食品”，去年台湾全年输出调制食品约20.2亿美元，其中对大陆及香港出口6.5亿美元，占比达32%，近年占比多在三成至四成左右，可以说是调制食品最重要的出口市场之一。
针对大陆禁止台湾食品输入，民进党籍台南市长黄伟哲2日嘴硬声称，台湾食品厂应变能力很强，当局要做最有力的后盾，“面对中国（大陆）这种准制裁，我们没有在怕的”。但全台商业总会理事长许舒博认为，区域和平稳定对台湾经贸才有实质帮助，大陆禁止百家食品厂产品进口，对食品业者及广大农渔民的影响则是立刻显现。中部一家食品大厂负责人接到台媒记者询问后哀叹，“政府自己要这样，让百姓受苦，很糟糕”。
联合新闻网2日称，去年以来，大陆因为病虫害、使用禁药等原因，禁止台湾菠萝、释迦、莲雾以及石斑鱼进口。台“农委会主委”陈吉仲4月曾预估，下一步石斑鱼、午仔鱼、柑橘和文旦等出口大陆达五成到七成的产品最具风险，但“已准备好配套措施”。结果后来，石斑鱼被强迫分配给台湾学童营养午餐，“农委会”并未找到大陆以外的其他主要市场。文章称，台湾农产品、水产品一旦停止出口大陆，将对台湾食品业、农业和水产业产生进一步打击，对台湾农民、渔民也将造成直接冲击。
