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5月6日，有科普博主发布视频称，他们暗访百果园门店时，发现有门店工作人员不仅售卖隔夜果切水果，还把即将变质的水果进行切块售卖。7日凌晨，百果园官方微博发布致歉说明，经自查，视频中两家涉事门店存在将水果违规分级、售卖隔夜果切水果等问题，涉事加盟门店已停业整顿，并责令涉事店员进行停职再教育。
上述科普博主发布的视频显示，一家百果园门店的工作人员把小凤梨标签全部打成价格更贵的大凤梨标签，还称：“没关系，反正人家有钱。”除此之外，该店员工还称，百果园总部规定不允许售卖切开的隔夜瓜，抓到还会罚款500元-1000元不等，但现在天气冷，可以将当日没卖出的瓜藏起来，并称：“下次去总部培训时，有人问起此事就说没有卖过隔夜瓜。”
对于已经发酵出酒味的蜜瓜，该门店工作人员则称，可以放在桌子上晾一下气味。随后，该店员闻了闻蜜瓜，便将其切块处理，装入保鲜盒，盖上保鲜膜，准备当作果切上架售卖。
在另一家百果园门店中，店内仍在正常售卖放了一个半月的啤梨。当科普博主问起时，该店员称，出问题也不关他的事，谁卖出去算谁的，“其他门店比咱们放得还久，有些放两三个月。”
6日晚，百果园总部工作人员告诉极目新闻记者，按公司总部要求，百果园门店不允许售卖隔夜西瓜，一经发现会受到相关处罚。对于网络报道的情况，公司正在核实，后续也将开启门店自查工作。待调查结果出来后，公司会尽快通过官方渠道进行发布。
7日0时04分，百果园通过官方微博发布致歉声明，称经公司自查，某博主发布的关于“暗访百果园”一视频中的门店为百果园成都成华区建和路店、百果园武汉江汉北路店，门店存在将水果违规分级、售卖隔夜果切水果、故意躲避总部检查相关问题。基于该视频，百果园总部已制作课件下发至全国门店学习，对涉事门店，按公司加盟管理办法停业整顿，并对涉事员工进行停职再教育，门店所在片区督导记大过一次，对区域负责人给与警告处分并要求其整改到位。
据其官网显示，深圳百果园实业（集团）股份有限公司成立于2001年，主要从事水果采购、种植支持、采后保鲜、物流仓储、标准分级、营销拓展、品牌运营、门店零售、信息科技、金融资本、科研教育等相关业务。目前，百果园在全国拥有5000多家门店。
